Le biofilm et, d’une manière générale, toute contamination constituent des défis sérieux dans les systèmes d’eau pure pharmaceutiques. Il s’agit d’une accumulation de microorganismes formant une couche protectrice composée de polymères organiques. Le biofilm contient une multitude de microorganismes issus de bactéries et de spores, dont des agents pathogènes potentiels. Il se forme aux endroits où l’eau et le carbone rencontrent des surfaces solides. Des microorganismes s’installent aux interfaces et y forment des biocénoses complexes. Résistant à un rinçage régulier à l’eau, ces microbes et leur couche protectrice sont une source de contamination permanente.